Cikal bakal MTs Negeri Singkawang adalah MTs Swasta YASPI Singkawang, karena persaingan semakin ketat dan banyaknya sekolah-sekolah umum negeri (SMP) yang berdiri di Kota Singkawang. Dampak berdiri SMP-SMP negeri tersebut, banyak MTs-MTs swasta yang tidak kebagian siswa, salah satunya adalah MTs YASPI yang beralamat di Jalan Yohana Godang Singkawang.
Pada tahun 2008 Kota Singkawang belum memiliki MTs Negeri, oleh Kepala kantor Departemen Agama yang saat itu di pimpin oleh Bpk .H.Mahmudi,S.Ag ,maka diusulkan MTs YASPI yang berlokasi di Kelurahan Pasiran Kecamatan Singkawang Barat untuk di negerikan. Dan usulan ini mendapat respon yang positif dari Pemerintah Kota Singkawang, yang waktu itu wali kotanya adalah Bpk. Drs.H. Awang Ishak, M.Si dengan diberikannya lahan seluas ± 2 ha , yang berlokasi di Kelurahan Naram Kecamatan Singkawang Utara.
Dalam perjalanan untuk proses penegerian banyak hambatan yang harus dilalui, salah satunya adalah krisis siswa. Karena untuk menegerikan MTs harus ada, MTs yang mau di negerikan dan masih mempunyai siswa, atau dalam arti mts tersebut masih beroperasi.Pada tahun pelajaran 2008/2009 MTs YASPI Singkawang hanya dapat siswa 8 orang, sehingga untuk operasional madrasah dirasa tidak memungkinkan, berdasarkan rapat dewan guru,akhirnya MTs YASPI memindahkan siswa/i yang ada ke MTs-MTs yang ada di Singkawang, dan MTs YASPI saat itu bisa di katakan mati suri ,karena siswanya tidak ada. Dan MTs YASPI masih dalam proses untuk penegerian ini yang merupakan tantangan yang dirasakan sangat berat oleh Kepala Kantor Departemen Agama ( Bpk. H. Mahmudi, S.Ag). Sampai-sampai beliau mempertaruhkan jabatannya untuk menyakinkan pejabat yang berwewenang di Departemen Agama Pusat, bahwa MTs yang akan di negerikan nanti akan mempunyai siswa.
Atas perjuangan semua pihak akhirnya MTs YASPI berhasil dinegerikan. Badan Hukum pendirian MTsN Kota Singkawang adalah Keputusan Menteri Agama Repupbik Indonesia Nomor : KMA No.92 Tahun 2009 ,Tanggal 19 Juni 2009. Pada Tahun Pelajaran 2009/2010 MTs Negeri Singkawang mulai beropersi dengan jumlah siswa angkatan pertama sebanyak 42 orang siswa, dan Plt. Kepala Marasah adalah Abu Sahab, A,Md.Dan Merupakan Satu-satu Madrasah Tsanawiyah Negeri yang ada di Kota Singkawang diresmikan oleh Bpk. Drs. H Rasmi Satar selaku Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Kalimantan Barat pada tanggal 8 Oktober 2009 jalan Yohana Godang pasiran berlangsung 3 tahun.Pada tahun Pelajaran 2011/2012 penerimaan peserta didik baru di fokuskan di lokasi gedung baru ,jalan Ratu Sepudak Kelurahan Naram Kecamatan Singkawang Utara. Dan aktifitas KBM terbagi dua, kelas VII di Kelurahan Naram Singkawang Utara dan kelas VIII, IX di Pasiran Singkawan Barat. Pada tanggal 14 Mei 2012 seluruh aktifitas KBM difokuskan di lokasi yang baru yaitu di Kelurahan Naram Kecamatan Singkawang Utara.